El ex general de división ocupó el Ministerio del Interior en la última dictadura militar, entre el 29 de marzo de 1976 y el 29 de marzo de 1981, durante la presidencia del dictador Jorge Rafael Videla.
Era considerado uno de los "cerebros" de la última dictadura y el amplio radio de influencia de su cartera de Estado le permitía dominar amplias jurisdicciones del poder de entonces y tomar decisiones fundamentales.
Desde la reinstauración de la democracia y hasta los últimos años, Harguindeguy, quien fue beneficiado por indultos, había logrado eludir a la Justicia.
Finalmente fue detenido, acusado por crímenes de lesa humanidad cometidos en la provincia de Entre Ríos. Por la condena, cumplía prisión domiciliaria por su edad avanzada.