El sorteo determinó las 22 llaves iniciales con partidos de ida y vuelta que completarán la primera fase y para la segunda se agregarán los 10 equipos eliminados de la Copa Libertadores de América (dos de la tercera fase y los ocho terceros de los grupos).
Los 32 equipos se dividirán en 16 llaves que competirán por un lugar en los octavos de final, siempre con el sistema de partidos ida y vuelta, y así sucesivamente hasta llegar a la final.
La Copa Sudamericana 2017 comenzará el 28 de febrero y finalizará el 13 de diciembre. Los cruces de los conjuntos nacionales para esta primera etapa quedaron así:
Independiente-Alianza Lima (Perú)
Racing-Rionegro Águilas (Colombia)
Huracán-Deportivo Anzoategui (Venezuela)
Gimnasia y Esgrima de La Plata-Ponte Preta (Brasil)
Arsenal-Juan Aurich (Perú)
Defensa y Justicia-San Pablo (Brasil)
Argentina, con seis equipos, es el país con más representantes entre los 44 clasificados a la primera fase del certamen que, en principio, no contará con el defensor del título, ya que Chapecoense de Brasil, declarado campeón tras la tragedia aérea que dejó como saldo a 71 muertos, disputará la Copa Libertadores de América.
Las restantes llaves de la primera fase, en la que no se cruzarán equipos de un mismo país, son las siguientes:
Nacional Potosí de Bolivia - Sportivo Huancayo de Perú
Sportivo Luqueño de Paraguay - Deportivo Cali de Colombia
Petrolero de Bolivia - Universidad Católica de Ecuador
Defensor Sporting de Uruguay - Liga de Quito
Everton de Chile - Patriotas de Colombia
Sol de América de Paraguay - Estudiantes de Caracas
Cerro Porteño de Paraguay - Caracas FC de Venezuela
Oriente Petrolero de Bolivia - Deportivo Cuenca de Ecuador
Corinthians de Brasil - Universidad de Chile
Boston River de Uruguay - Comerciantes Unidos de Perú
O'Higgins de Chile - Fuerza Amarilla de Ecuador
Deportes Tolima de Colombia - Bolívar de Bolivia
Palestino de Chile - Atlético de Venezuela
Danubio de Uruguay - Sport Recife de Brasil
Cruzeiro de Brasil - Nacional de Paraguay
Liverpool de Uruguay - Fluminense
(Los nombrados en primer término cierran la llave de visitante).